Η αντίδραση του άγχους αποτελεί μία φυσιολογική αντίδραση του οργανισμού στις περιστάσεις κάτω από τις οποίες ο οργανισμός απειλείται και χρειάζεται να κινητοποιηθεί κατάλληλα προκειμένου να επιβιώσει. Οι περιστάσεις αυτές μπορεί να είναι λιγότερο απειλητικές, όπως είναι η απαιτητική σωματική άσκηση, ή περισσότερο, όπως είναι κάποια σοβαρή απειλή για τη σωματική ή ψυχολογική μας ακεραιότητα.

     Η απειλή αυτή μπορεί να είναι πραγματική ή υποθετική. Ο οργανισμός δηλαδή, μπορεί να αντιδράσει με άγχος είτε σε μία πραγματική επίθεση εναντίον του, είτε στην υποκειμενική αντίληψη ότι η κατάσταση είναι απειλητική (όπως όταν περνάμε από ένα σκοτεινό δρόμο και χωρίς να συμβεί κάτι, ο οργανισμός μας βρίσκεται σε εγρήγορση για τη πιθανότητα να αντιμετωπίσει κάποια επίθεση). Επίσης, η απειλή μπορεί να αφορά τόσο τη σωματική μας ακεραιότητα (όπως περιγράφηκε) όσο και τη ψυχολογική μας ακεραιότητα. Ένα παράδειγμα είναι το άγχος που μας διακατέχει όταν πρόκειται να κριθούμε αυστηρά από τους συναδέλφους μας για κάποια παρουσίαση στην εργασία μας, ή το άγχος που μας προκαλεί κάποια σοβαρή διαμάχη με το σύντροφο μας. Τέτοιες περιστάσεις απειλούν την ψυχολογική μας ακεραιότητα και η αντίδραση του άγχους, μας κινητοποιεί να διαφυλάξουμε την αυτοπεποίθηση και τη ψυχική μας ισορροπία.

     Πως όμως αντιδρά ο οργανισμός για να προστατευτεί; Όταν ο οργανισμός βρίσκεται αντιμέτωπος με μία κατάσταση η οποία είναι εν δυνάμει απειλητική, ο εγκέφαλος και το σώμα συνεργάζονται σε μία διαδικασία πολύπλοκων νευροχημικών αντιδράσεων, προκειμένου να αξιολογήσουν και να προσαρμοστούν στις ανάγκες της κατάστασης. Στην βιολογική αντίδραση του οργανισμού στην απειλή,  παίζουν καθοριστικό ρόλο μεταξύ άλλων εγκεφαλικών δομών, το Στέλεχος και το Δρεπανοειδές (Λιμπικό) Σύστημα. Σε αυτά τα συστήματα του εγκεφάλου αξιολογούνται τα αισθητηριακά δεδομένα για το κατά πόσο το περιεχόμενο τους είναι απειλητικό. Από εκεί, με μία σειρά νευροχημικών αντιδράσεων (κατά κύριο λόγο την έκκριση αδρεναλίνης), τα μηνύματα αποστέλλονται σε άλλες εγκεφαλικές δομές του μέσου εγκεφάλου. Ο μέσος εγκέφαλος είναι στενά συνδεδεμένος με το Αυτόνομο Νευρικό Σύστημα (ΑΝΣ) και τα ζωτικά μας όργανα (πνεύμονες, καρδιά, κυκλοφορικό σύστημα, νεφρά κ.α.). Οι λειτουργίες αυτές του εγκεφάλου εμπλέκονται καθοριστικά τόσο στους φυσιολογικούς μηχανισμούς του άγχους, καθώς και στις μη φυσιολογικές καταστάσεις του, όπως είναι οι Αγχώδεις Διαταραχές  (η Μετατραυματική Διαταραχή, η Γενικευμένη Αγχώδης Διαταραχή, οι Κρίσεις Πανικού  και οι Φοβίες).

     Υπό φυσιολογικές συνθήκες, στην έκτακτη περίπτωση της απειλής για τον οργανισμό, αν ο οργανισμός αξιολογήσει ότι υπάρχει επαρκής αντοχή, χρόνος και χώρος, ο οργανισμός θα διαφύγει (Αντίδραση της Φυγής). Αν ο οργανισμός αντιληφθεί ότι δεν υπάρχει χρόνος ή χώρος για να διαφύγει, αλλά επαρκής αντοχή, ο οργανισμός θα πολεμήσει (Αντίδραση της Μάχης). Αν οργανισμός αντιληφθεί ότι δεν υπάρχει ούτε χρόνος, ούτε χώρος ή δύναμη για να αμυνθεί ή να διαφύγει, θα παγώσει (Αντίδραση του Παγώματος ή "Παριστάνοντας το Πεθαμένο"). Η αντίδραση του Άγχους λοιπόν, αποτελεί μία αρχέγονη και ζωτικής σημασίας λειτουργία για την επιβίωση μας. Μας προετοιμάζει κατάλληλα προκειμένου να ανταπεξέλθουμε σε καταστάσεις  αυξημένης ανάγκης.

     Όταν ο οργανισμός μπει σε κατάσταση συναγερμού (όπως είναι η αντίδραση Μάχης – Φυγής), ενεργοποιούνται μία σειρά βιολογικών αντιδράσεων του Συμπαθητικού Νευρικού Συστήματος (ΣΝΣ)- ο κλάδος του Αυτόνομου Νευρικού Συστήματος (ΑΝΣ) που γενικά είναι αρμόδιος για την εγρήγορση του οργανισμού σε απαιτητικές καταστάσεις. Οι αντιδράσεις αυτές πραγματοποιούνται αυτόματα, άνευ εκούσιου ελέγχου. Ο οργανισμός απελευθερώνει τα απαραίτητα καύσιμα (γλυκόζη, σάκχαρα) ώστε ο εγκέφαλος να μπορεί να με μεγάλη ταχύτητα να εκτιμήσει τα δεδομένα της κατάστασης και να αποφασίσει την αντίδρασή του. Ταυτόχρονα, αποσύρει αίμα από τα όργανα και τις σωματικές περιοχές που δεν αποτελούν υψηλές προτεραιότητες (όπως η πέψη) ενώ το επικεντρώνει σε καίρια ζωτικά όργανα όπως η καρδιά και οι πνεύμονες καθώς και στους μύες, οι οποίοι προετοιμάζονται για δράση. Παράλληλα, εκκρίνονται ορμόνες όπως η αδρεναλίνη και η κορτιζόλη, ο καρδιακός παλμός, η αρτηριακή πίεση και η πρόσληψη οξυγόνου αυξάνονται και οι κόρες διαστέλλονται. Το αποτέλεσμα είναι το άτομο να επικεντρώνει τη προσοχή του στην άμεση κατάσταση, να αισθάνεται μία έκρηξη αδρεναλίνης που βιώνεται ως αισθήματα φόβου και θυμού,  έτσι ώστε συνολικά οργανισμός να είναι σε ετοιμότητα να παλέψει ή να διαφύγει.

    Σε αλληλοσυμπληρωματική δράση, το Παρασυμπαθητικό Νευρικό Σύστημα (ΠΝΣ - ο άλλος κλάδος του ΑΝΣ), ενεργοποιείται όταν ο οργανισμός έχει πάψει πλέον να βρίσκεται σε κατάσταση αυξημένης ανάγκης, δηλαδή, με την απομάκρυνση από την απειλή ή μετά το τέλος της έντονης σωματικής άσκησης. Το ΠΝΣ ευθύνεται για τη καταπράυνση του οργανισμού και την επαναφορά του στην αρχική κατάσταση ηρεμίας και ισορροπίας του. Αυτό επιτυγχάνεται με τη σταδιακή αποκατάσταση των φυσιολογικών λειτουργιών του οργανισμού (ορμονολογική εξισορρόπηση, χαλάρωση των μυών, αποκατάσταση καρδιακού και αναπνευστικού ρυθμού κ.τ.λ.).

     Όλα τα παραπάνω αποτελούν φυσιολογικές διαδικασίες του άγχους. Στις χρόνια στρεσογόνες ή τραυματικές εμπειρίες όμως, όπως όταν εκτίθεται επανειλημμένα κανείς στη βία ή σε κάποιο άλλο ερέθισμα που προκαλεί φόβο, άγχος ή θυμό (όπως συμβαίνει στις διαταραχές του άγχους ή και της διάθεσης κάποιες φορές), είναι πολύ πιθανό, να αλλοιωθεί η φυσιολογική  λειτουργία του εγκεφάλου. Το Αυτόνομο Νευρικό Σύστημα λειτουργεί ακατάπαυστα και με δυσλειτουργικό τρόπο, καθώς το Παρασυμπαθητικό Νευρικό σύστημα ενεργοποιείται σχεδόν ταυτόχρονα με το Συμπαθητικό Νευρικό Σύστημα (είναι σαν να πατά κανείς το γκάζι και το φρένο ταυτόχρονα). Ο οργανισμός συνεχίζει να παράγει αδρεναλίνη και να προετοιμάζει τον οργανισμό για την αντίδραση Μάχης – Φυγής. Αυτό συμβαίνει γιατί στην επαναλαμβανόμενη και παρατεταμένη έκθεση στο άγχος, το σώμα δεν σταματά ουσιαστικά ποτέ να βρίσκεται σε κατάσταση συναγερμού, ενώ ταυτόχρονα, δεν έχει ποτέ την ευκαιρία να επιστρέψει πλήρως σε μία κατάσταση ηρεμίας και έτσι σταδιακά εξουθενώνεται. Ακόμα και μετά την απομάκρυνση από την απειλή, ο οργανισμός συνεχίζει να αντιδρά σαν να βρίσκεται σε κατάσταση απειλής.

   Αυτές οι δυσλειτουργίες στον οργανισμό έχουν ως αποτέλεσμα μια σειρά από αλληλένδετα προβλήματα στην αντίληψη, το συναίσθημα, τη μνήμη και τη συμπεριφορά. Τα υπερβολικά αγχώδη άτομα ή  αυτά με ιστορικό τραύματος, συχνά έχουν έντονα φορτισμένα συναισθήματα  για κάτι που συνέβη, χωρίς μνήμη του τι ακριβώς συνέβη. Αντίστοιχα, μπορεί να θυμούνται ξεκάθαρα λεπτομέρειες του συνέβη αλλά να μην έχουν καθόλου συναισθηματική αντίδραση. Μπορεί να βρίσκονται σε μία μόνιμη κατάσταση επαγρύπνησης χωρίς να ξέρουν γιατί. Έτσι παγιδεύονται σε συναισθηματικούς φαύλους κύκλους άνευ του ελέγχου τους και καταλήγουν να αισθάνονται ανασφαλή ακόμα και μέσα στο ίδιο τους το σώμα. Συχνά τα υπερβολικά αγχώδη άτομα εμφανίζονται στους άλλους σαν να μη μπορούν να διαχειριστούν τις σκέψεις, τις αισθήσεις και τη συμπεριφορά τους. 

    Σύνοδες μακροπρόθεσμες συνέπειες του χρόνιου άγχους  συμπεριλαμβάνουν και  ιατρικές καταστάσεις όπως υπέρταση, καρδιακές παθήσεις, αλλοιώσεις στη νεφρική και εντερική λειτουργία και στο ανοσοποιητικό σύστημα. 

     Έτσι λοιπόν κατανοούμε ότι το ανθρώπινο σύστημα της φυσικής αυτό-άμυνας  του άγχους, υπό φυσιολογικές, έκτακτες συνθήκες, κινητοποιεί κατάλληλα τον οργανισμό για αλλαγές που τον προστατεύουν. Όταν όμως διαιωνίζεται και δε χρησιμοποιείται σε έκτακτες ανάγκες μόνον, καταλήγει να εξαντλείται και να αποδιοργανώνεται. 

     Η αποκατάσταση του οργανισμού στις φυσιολογικές περιπτώσεις έκθεσης στο άγχος, περιλαμβάνουν την ανακούφιση του οργανισμού αρχικά με την απομάκρυνση από τη κατάσταση που προκαλεί άγχος. Στη συνέχεια η ανάπαυλα του οργανισμού με χαλαρωτικές δραστηριότητες, ξεκούραση, ύπνο, καλή διατροφή, ή άλλες ψυχολογικά ευχάριστες δραστηριότητες, είναι αρκετές προκειμένου να ενισχύσουν τους φυσικούς μηχανισμούς αποκατάστασης που από μόνος του κινητοποιεί ο οργανισμός. Στη περίπτωση όμως της χρόνιας και τραυματικής έκθεσης στο άγχος, όπως είναι οι Αγχώδεις Διαταραχές, το άτομο χρειάζεται μία ολοκληρωμένη θεραπεία που συχνά περιλαμβάνει την αποκατάσταση σε βιολογικό, ψυχικό, νοητικό και πνευματικό επίπεδο.